2010 október 1-jével az elsőfokú adóhatósági feladatok ellátására visszaáll a korábbi megyei szervezeti struktúra, ezzel egyidejűleg a másodfokú adóhatósági feladatok elvégzésére a jelenlegi régiók területén felállításra kerülnek a regionális főigazgatóságok.
A jövőben az APEH hatáskörébe tartozó hatósági ügyekben:
első fokon az igazgatóságok, az igazgatóságok által első fokon hozott döntések tekintetében a főigazgatóságok, a főigazgatóságok által első fokon hozott döntések tekintetében az APEH elnöke jár el másodfokon.
2011 január 1-jétől az új kormányhivatal átveszi az APEH és a Vámhivatal feladatait, általános jogutód lesz. Az összeolvadás célja: a működéssel járó költségek csökkentése, közös informatikai rendszer és törzsadat-állomány kialakítása és működtetése, egyablakos ügyintézési rendszer működtetése, valamint a folyószámlák egyesítése.
Ez utóbbi kettő várhatóan 2012-től fog megvalósulni.